2004年底,船舶一卡通工程于正式启动，首期面向长江三角洲地区推广实施并取得成功。

2006年，按照交通运输部海事局制定的推广计划，在总结经验的基础上，船舶一卡通工程在直属海事系统全面实施，截止目前，船舶一卡通工程的实施范围已覆盖全国直属海事系统和11个地方海事局，持卡船舶共计135983艘次。

2008年，工程面向长江干线水网地区的地方海事系统做进一步推广，实现对国内所有注册登记船舶的有效监管。